Proteus è disponibile in diverse versioni: Ms-Dos™, Win32, Service, ISAPI, Unix™.

Ecco l'elenco delle differenze tra le varie versioni:

DIRGET(drive)
DRIVEGET()

DIRGET()
LINK(file, link)

Le funzioni SHORTNAME(pathname) e LONGNAME(pathname) sono mantenute per compatibilità nella versione Unix™, ma restituiscono lo stesso pathname senza effettuarvi alcuna operazione.

Le funzioni FATTRIB(pathname), CHMOD(pathname, flags), ISFILE(pathname), DIROPEN(pathname) e DIRLAST(h, field) presentano alcuni flag differenziati, per tenere in considerazione le inconciliabili differenze tra sistemi operativi.

Inoltre:

• EOL è inizialmente uguale a "\n" nella versione Unix™, a "\r\n" nelle altre versioni;
• OS è inizialmente impostato a: 0 (Unix™), 1 (Ms-Dos™), 2 (Win32), 3 (ISAPI), 4 (Service);
• PID e FILE_MASK sono predefiniti solo sotto Unix™ (il PID sotto Windows™ si può ottenere con W32GETPROCESSID);
• le etichette MS_DOS, WINDOWS, ISAPI, SERVICE, INTERACTIVE e UNIX sono o meno definite in base alla variante dell'interprete;
• il parametro sulla linea di comando -k (che agisce sugli argomenti delle funzioni di libreria relativi a nomi di file) converte eventuali '/' in '\' sotto Dos/Windows™, mentre cambia eventuali '\' in '/' sotto Unix™.

Non vi sono differenze tra la versione italiana ed inglese, se non i messaggi di errore e diagnostica.

Per scrivere dei programmi Proteus che possano girare indifferentemente sotto le diverse piattaforme, evitare l'impiego delle funzioni disponibili solo in alcune versioni oppure seguire una delle seguenti strategie:

• utilizzare le direttive e compilare condizionalmente il codice (più efficiente):

; Salva in CurDir la directory corrente (sul drive corrente, 
; sotto Dos/Win 95)
!ifdef UNIX
   SET CurDir = FUNC("DIRGET")
!else
   SET CurDir = FUNC("DIRGET", FUNC("DRIVEGET"))
!endif

• accedere alle funzioni critiche attraverso FUNC, dopo un test su OS, in questo modo:

; Salva in CurDir la directory corrente (sul drive corrente, 
; sotto Dos/Win 95)
IF OS
  SET CurDir = FUNC("DIRGET", FUNC("DRIVEGET"))
ELSE
  SET CurDir = FUNC("DIRGET")
FI

Per quanto riguarda la versione dell'interprete (non il sistema operativo sul quale gira) utilizzare l'identificatore predefinito VERSION per accedere al numero di versione.